哈佛大学的校务领导机构，一是哈佛大学董事会，另一个是校务监督委员会。

哈佛大学董事会，负责大学的财政和校务的管理。有关教育政策和机构设置的重大事务，由校长和各部门主任向董事会提出讨论定。哈佛大学各个研究生院院长和各个系的系主任，都由校长任命。

哈佛大学校务监督委员会，由30名成员组成。这些成员大多由哈佛学院和拉德克利夫学院毕业的校友中选举产生，任期为6年。校务监督委员会举行定期会议，对大学的工作进行调查研究，就有关大学的教育政策和教育实践提出建议，支持学校的重大活动。

哈佛大学规模庞大、资产超群，常被人戏称为“哈佛帝国”。全校共设有13所学院。其中本科生院两所，即哈佛学院与拉德克利夫学院；研究生院11所，即文理学院、商业管理学院、肯尼迪管理学院、设计学院、教育学院、法学院、神学院、医学院、牙医学院、公共卫生学院及大学扩展部等。

几个主要的研究生院的著名系、部有：

*文理学院的生物化学与分子生物学系、生物科学部、应用科学部、计算机技术研究中心、地质学系、化学系等；

*医学院的细胞与进化生物学系、微生物与分子遗传学系、神经生物学系、生物化学系、生物学与生物物理学系、药物学系、免疫学委员会、与MIT合建的健康科学部等；

*公共卫生学院的微生物学系；

*设计学院的建筑系和设计专业等；

*教育学院的管理、计划和社会政策专业，教学、课程和学术环境专业，人的发展、阅读和咨询心理专业等。

哈佛大学拥有2400名教授,6700名本科生和12400名研究生,校色是深红色(Crimson),深红色(Crimson)也是哈佛的运动队和日报The Harvard Crimson的名字.

哈佛大学和麻省理工学院(MIT) 之间一直存在著友好的竞争关系,这种关系可以追溯到1900年,那时候两校合并的问题被广泛讨论,甚至在某个时候被当局达成一致(后来被马诸塞州的法院取消),今天,这两所学校之间的合作和竞争依然不相上下,经常有很多合作的研讨会和项目,包括哈佛MIT健康科学与技术部,哈佛MIT数据中心, Dibner历史科技研究所.此外, 两校的本科生和研究生之间还可以不用缴纳额外费用就能相互注册, 获得学分来得到自己本校的学位.

哈佛大学最近才成立工程与应用科学学院。由于哈佛的工程学科没有邻近的麻省理工学院完善, 许多哈佛学生会到麻省理工学院修理工的课程或做理工的研究 (哈佛大学曾经数次尝试与麻省理工学院合并，但一是受限于双方校园内部的意见，再加上为防止大学独大，麻省大法庭于1904年裁定此举违法，至今并无任何合并举动)